扁平疣是一种病毒感染引起的疾病。如果涉及到住院且达到医保起付线，则可以报销一定费用。一般是不会计入医保报销范围的。基本保险不予支付费用的诊疗项目范围，服务项目类：1、挂号费、院外会诊费、病历工本费等；2、出诊费、检查治疗加急费（急诊除外）、点名手术附加费，优质优价费、自请特别护士费等特需医疗服务。

法律依据：《中华人民共和国社会保险法》 第二条 国家建立基本养老保险、基本医疗保险、工伤保险、失业保险、生育保险等社会保险制度，保障公民在年老、疾病、工伤、失业、生育等情况下依法从国家和社会获得物质帮助的权利。