有区别：区别在于，
- 土地用途：永久基本农田是指为保障国家粮食安全和重要农产品供给，实施永久特殊保护的耕地。它主要用于农业生产，特别是粮食作物的种植。村庄集中建设区则是规划用于农村居民住宅、公共服务设施和农村产业发展的区域。
- 保护程度：永久基本农田受到更严格的保护，一般不得擅自改变用途或进行非农建设。而村庄集中建设区在规划和管理上相对更灵活，可以根据农村发展的需要进行建设和调整。
- 规划目的：永久基本农田的规划目的是确保耕地资源的可持续利用，保障国家的粮食安全。村庄集中建设区的规划目的是合理安排农村居民的生活和生产空间，提升农村基础设施和公共服务水平。
- 管理要求：对于永久基本农田，通常有更严格的管理要求，如耕地质量保护、土地整治等。村庄集中建设区的管理则更注重规划的合理性、建设用地的集约利用和生态环境保护。
永久基本农田和会合村并镇不是同一个概念。永久基本农田是指国家对保护长期耕种的农田所采取的一项政策措施，旨在保障农业生产的可持续发展。而会合村并镇则是指在城市化进程中，为了优化乡镇资源配置，实现行政服务的整合而进行的县下镇村的整合。因此，永久基本农田不会导致会合村并镇，但是农田保护和优化资源配置可以协同进行，实现乡村振兴和可持续发展的目标。
征收基本农田补偿标准，旱田平均每亩补偿5.8万元。水田平均每亩补偿9.9万元。菜田平均每亩补偿15.6万元。