办理商铺100万房产证，需要支付的费用包括房屋产权证代办费、经济适用房过户税费、土地转让费、公证费、税费等等。具体的费用涉及到很多方面，如房产交易价格、房屋面积、产权证方法等等，需要根据不同情况而异。一般情况下，房产证办理的费用并不便宜，可能需要几千元至几万元不等的费用。因此，建议在办理房产证时咨询专业机构或者律师，明确各项费用并做好费用预算。
1 需要的费用可能会因不同城市、不同房产证类型和不同的手续要求而有所不同。
2 通常要办理房产证需要支付房屋评估费用、交易税费、登记费用、征收拆迁补偿费用等各种费用，总费用可能会超过100万。
3 此外，如果需要请律师代办等增值服务，还需要额外支付相应的费用。
因此具体需要多少费用需要根据具体情况来确定。
办理商铺房产证100万大概需要五万左右的费用，一般办理商铺他主要是契税，根据国家规定按商铺总价4%征收，房屋维修基金120块钱一平米，办理不动产证工本费550元，不过是两本不动产证加十元，交易费5‰，再加上其他的印花税，合计大约五万元。