速卖通POP店铺和全托管店铺的主要区别在于店铺运营模式和管理方式的不同。

POP店铺：这是一种普通的店铺类型，卖家需要自己管理店铺，包括选品、定价、物流等方面。POP店铺的层级排名主要是根据二级类目最近30天的GMV（成交额）排名来确定。这意味着店铺的销售额对店铺的层级排名有直接影响。

全托管店铺：这种类型的店铺则是由速卖通官方或者第三方服务商来管理和运营，卖家只需要提供产品信息并处理订单即可。全托管店铺的层级排名是基于商家自然月度的评分，并在其所属的一级类目行业内进行排名分层。考核的标准不仅限于店铺的GMV，还包括商家的服务评分等多方面因素。这表明店铺的综合表现，如评分和服务质量，也会影响到店铺的单品流量。