南京农行提前还贷通常情况下是指提前还清全部贷款，包括本金和利息。一般流程如下：

1.确认权益：在贷款合同中确认提前还款的权益，在签署贷款合同时，借款人和农业银行会约定是否允许提前还款以及相应的手续和费用，所以提前还款的权益需在合同中明确规定。

2.支付违约金：根据农业银行的政策，提前还款会导致银行利息损失，因此需要借款人支付一定比例的违约金。违约金的具体金额会在贷款合同中规定，并根据借款人提前还款的时间长短和剩余贷款金额进行计算。

3.提交申请：借款人需要填写提前还款申请书，附上有效的身份证明和贷款合同，并提交给农业银行。农业银行会审核借款人的提前还款申请，并根据实际情况决定是否同意提前还款。

4.一次性或部分提前还款：提前还款可选择一次性还清贷款剩余本金，也可以选择部分提前还款。如果选择部分提前还款，借款人需要支付相应的违约金，并且剩余贷款金额会相应减少，从而减少还款期限和利息支出。

具体流程和要求可能会因个人情况和贷款合同而有所不同，建议提前与农业银行取得联系，了解详细的政策和要求，并按照要求办理相关手续。