目前，北京市的新农合和社保并未合并，两者仍然是独立的医保体系。新农合适用于城乡居民和外来务工人员，由当地政府给予补贴，职工社保则适用于有正式工作的人员，由企业和个人缴纳。不过，有关部门正在探讨将新农合和社保合并的计划，以进一步完善和统一城乡居民医保体系，未来可能会有相应的政策方案出台。
北京新农合和社保是可以合并的，但是要到退休的时候，退休办手续时，把新农合的存折交给人力资源与社会保障局，工作人员就会把两者合并。但需要注意的是，新农合的工龄不会加到社保里面，只能把新农合里面的钱转到社保的账户里面。
另外，从2018年起，北京已经把“新农合”与“城镇居民医保”合并为“城乡居民医保”。