保护基本农田和退耕还林是不矛盾的。那些退耕还林的田地本就是林地，由于人们的长期开发使林地变成了农田，这样的农田产生的效益其实还不如林地，退耕还林后不仅能保持水土的不流失，还能保护环境防风固沙的作用，这对基本农田的保护也起着作用。
不是，
退耕还林后一般不属于基本农田的，退耕还林后的土地属于林地。国家对退耕还林实行省、自治区、直辖市人民政府负责制。省、自治区、直辖市人民政府应当组织有关部门采取措施，保证退耕还林中央补助资金的专款专用，组织落实补助粮食的调运和供应，加强退耕还林的复查工作，按期完成国家下达的退耕还林任务，并逐级落实目标责任，签订责任书，实现退耕还林目标。
退耕还林是指政府为了防止水土流失、保护生态环境和生物多样性等目的，建立森林、草原、湿地等生态系统，将农业耕地恢复为生态用地。其标准主要包括以下几个方面：
1. 土地的产出率低于国家规定的最低标准；
2. 土地上不得种植违禁作物或危险品种；
3. 在国家保护林、山、草原等重点生态功能区和水源涵养林、天然林、湿地等重点生态系统区的范围内的耕地或林业用地必须退耕或还林；
4. 农村土地集中连片整治时需要进行退耕还林；
5. 在国家规划示范林区、国家公益林、森林城市、防沙治沙重点工程等生态建设项目中，需要进行退耕还林。